中国农业科学院农产品加工研究所前身为中国农业科学院原子能利用研究所。2002年10月，经科技部、财政部、中编办批复（国科发政字〔2002〕356号），调整为农产品加工研究所（以下简称“加工所”），2003年12月挂牌运行。建所六十八载，几代科研人员不忘初心、传承精神，在以科技创新服务“三农”主战场上作出了重要贡献。

      一、使命定位

       对标“四个面向”，加工所致力于解决全国农产品加工基础性、方向性、全局性、关键性重大科技问题，承担农产品加工科技创新、产业支撑、高层次人才培养、国际交流与合作等任务，重点推动大宗农产品减损保供、特色农产品提质增效、“大食物观”食物安全和产业发展战略研究，在保障粮食安全与重要农产品稳定安全供给，全面支撑实施乡村振兴、健康中国和制造强国战略等方面行使国家队职责。

      二、学科建设

       构建“一体、两翼、三拓展”的学科体系，即夯实农产品加工与贮藏学科主体，强化质量安全、营养健康两翼重点学科方向，拓展合成生物学、智能感官和数字加工三个新兴交叉学科方向；2023年起，着力打造“未来加工”学科体系，培育加工新动能。

      三、人才团队建设

       截至2025年4月30日，所内拥有在编职工196人、聘用制职工64人、在站博士后21人、退休职工139人。在编职工平均年龄38.3岁，40岁以下职工人数占比67%。全所正高级职称42人、副高级职称58人，国际食品科学院院士1人，国家高层次人才计划领军人才2人、青年拔尖人才1人，“神农英才”领军人才3人、青年英才3人，享受国务院政府特殊津贴2人，中国农业科学院“农科英才”14人。

       组建“9+6”院所两级创新团队，即谷物加工与品质调控、植物蛋白结构与功能调控、肉品科学与营养工程、果蔬加工制造与营养健康、生物基材料绿色加工、中式食品加工与装备、食物营养与功能性食品、食品生物制造、粮油减损与真菌毒素防控9个院级创新团队，植物化学组分与组学研究、农产品加工质量安全防控、农产品保鲜与物流、乳品加工与品质调控、马铃薯加工与品质调控、乡村产业振兴研究6个所级培育创新团队。

       建有食品科学与工程1个一级学科博/硕士学位授权点，生物化学与分子生物学、生物物理学2个二级学科博/硕士学位授权点，以及食品工程、食品与营养、农业管理3个专业学位硕士点。截至2025年4月30日，拥有博士生导师28人、硕士生导师60人；在读研究生655人，其中包括博士108人、硕士160人、留学生13人，以及联培生374人。

      四、科技创新

       “十三五”以来，主持国家重点研发计划项目18项、课题44项，国家自然科学基金项目119项（其中重点项目1项），授权发明专利311件，发表学术论文1680篇，其中SCI、EI论文1300篇，主编或参编著作50余部。以第一完成单位获国家科学技术二等奖2项，省部级一等奖14项，社会力量特等奖5项、一等奖18项。是中国农业科学院食品营养健康科学中心牵头单位，农业科技创新工程首批试点所之一，试点期、全面推进期中期、全面推进期、跨越发展期中期4期考核优秀。

      五、产业服务

       成立农产品加工产业专家团，重点服务832个脱贫县特别是160个重点县的产业提升，建立以党建为引领，涵盖产业分析、规划编制、技术对接、产品开发、企业招引、资本介入、品牌打造、培训帮扶等在内的全方位综合服务体系，有力推动乡村产业振兴。持续派员援疆援藏援甘和到产业一线挂职服务，所内集体和个人获评中国农科院乡村振兴先进集体、全国乡村振兴青年先锋、中国农科院脱贫攻坚先进个人等荣誉。立足企业需求，提供行业咨询、园区厂房设计、技术开发、设备选型、生产线建设、产品质量检测与营养评价、专利布局、标准制修订、人才培训等集成式服务。

      六、科技平台

       建有国家数字农业装备（智能加工）创新分中心、农业农村部农产品加工与贮藏重点实验室（综合性）、农业农村部农产品质量安全收贮运管控重点实验室（专业性）、农业农村部农产品加工质量安全风险评估实验室（北京）、农业农村部农产品及加工品质量检验测试中心（北京）、全国名特优新农产品营养品质评价鉴定机构、特质农品全国技术中心等10余个部级平台，承担国家农产品加工技术研发体系、农业农村部农产品加工标准化技术委员会、农业农村部农产品加工学科群重点实验室运行管理工作。

      七、合作交流

       是国家农产品加工产业科技创新联盟、国家大豆精深加工产业科技创新联盟、国家食药同源产业科技创新联盟、国家肉类加工产业科技创新联盟理事长单位，中国农学会食物与营养专业委员会、中国保健协会健康科学技术应用推广工作委员会、中国粮油学会花生食品分会/薯类分会、中国淀粉工业协会甘薯淀粉分会等7个学会主任委员单位。

       按照“一核多元”理念进行发展布局，共建中国农业科学院农产品加工与营养健康研究院（沧州）、潍坊食品科学与加工技术研究院、中国（泰兴）农产品未来加工创新研究院3个所级新型研发机构。按照中国农科院工作部署，2024年起牵头中国农业科学院数字农业农村研究院（淄博）工作。

       建有中国-阿根廷食品科学技术中心、中国-以色列农产品加工联合研究中心等2个政府间国际合作平台，以及24个双多边国际合作实验室与平台，是国家引才引智示范基地。